Pegalajar cuenta con una gran riqueza natural tanto de flora como de fauna, ya que en su término municipal podemos encontrar diversos hábitats: altas cumbres con el Pico Almadén como cota más elevada, bosques maduros de pinos y encinas, zonas fragmentadas con presencia de monte y roturas para cultivos principalmente de olivos, bosques de ribera presentes en el Rio Guadalbullón, cortados rocosos de caliza, y zonas de campiña donde podemos encontrar especies esteparias.

Una gran parte de este territorio se encuentra protegido albergando parte del Parque Natural de Sierra Mágina, así animales y plantas se distribuyen en los distintos hábitats, ocupando y aprovechando los recursos que se ofrecen.

Una gran parte de este territorio se encuentra protegido albergando parte del Parque Natural de Sierra Mágina, así animales y plantas se distribuyen en los distintos hábitats, ocupando y aprovechando los recursos que se ofrecen.

En el campo de la flora destacan grandes espacios forestales dominados por pinares de repoblación de pino carrasco y bosques maduros autóctonos de encinas intercalados con majuelos, arces de monpelier o quejigos, los arbustos más abundantes son romeros, aulagas, jaras, enebros, torviscos, tomillos, espartos, alhucemas y coscojas. En la vegetación de porte herbáceo alternan pastizales anuales ricos en tréboles y carretones con pastos vivaces de yesqueras. Es de resaltar la presencia de endemismos como la Lithodora nítida, Arenaria alfacarensis o Jurinea fontqueri. Debemos destacar la gran presencia de diferentes especies de orquídeas a lo largo de la geografía local.

En cuanto a la fauna son muchas las especies presentes en la zona. El águila real, águila azor perdicera y el halcón peregrino son las grandes rapaces que podemos observar, el búho real, el mochuelo y el autillo en época estival pueden ser oídas por las noches. Las manadas de cabra montés habitan zonas de roquedos y es muy fácil observarlas en cualquiera de las rutas de senderismo, además de ciervos, jabalís y zorros.